Emil Hnatko je rođen 8. avgusta 1941. godine u Privinoj Glavi, Šid, Srbija. Osnovnu školu završio je u rodnom mjestu, nižu gimnaziju u Šidu. Školovanje je nastavio na Elektroprivrednoj školi u Beogradu, Mašinski fakultet u Beogradu upisao je 1961. godine (studij Konstruktorskog mašinstva, grupu Motori). Diplomirao je 1966. godine (prosek 8,46 i diplomski 10).
Treći stupanj studija i magistarski rad obranio je na Fakultetu strojarstva i brodogradnje u Zagrebu 1973. godine (Analiza osnovnih teorijskih karakteristika za automatsku promjenu stupnjeva prijenosa kod mjenjača teških motornih vozila i definiranje optimalnog sistema automatskog upravljanja), a doktorsku disertaciju na Mašinskom fakultetu u Kragujevcu 1982. (Prilog optimizaciji termodinamičkog rada po kriteriju ekonomičnosti).
U okviru DААD stipendije boravio je na Tehničkom sveučilištu u Münchenu (1989/90.g.) u svojstvu gostujućeg profesora, a u sklopu programa Carl Duisberg Gesellschaft e. V., Köln, na Institutu tvrtke “Porsche” u Stuttgartu 1987. godine.
Član je Akademije tehničkih znanosti Hrvatske od veljače 2004. godine, a od 2000. kao emeritus Akademije.
Poslije srednje škole radio je godinu dana u Konstrukcijskom birou Bagersko-brodarskog poduzeća u Beogradu, i jednu godinu nakon fakulteta u svojstvu šefa proizvodnje u Remontu. Školske 1966/67. godine (kao apsolvent) bio je nastavnik u Autosaobraćajnoj tehničkoj školi u Zemunu predmete Kinematika i Dinamika.
U periodu od 1968. do 1979. godine radio je na Tehničkoj vojnoj akademiji KoV JNA u Zagrebu, na Katedri motori i vozila, u svojstvu: asistenta, predavača, te višeg predavača do 1979. godine kada je izabran na Višoj zrakoplovnoj školi Sveučilišta u Zagrebu u zvanje višeg predavača za predmete Zrakoplovni motori i Nauka o toplini. Nakon doktorata 1982. godine, izabran je u zvanje docenta za iste predmete, godine 1987. u zvanje izvanrednog profesora za te predmete, a 1989. u zvanje izvanrednog profesora na Strojarskom fakultetu u Slavonskom Brodu za disciplinu Transportna sredstva – motori, 1993. u zvanje redovitog profesora, te 2000. godine. u zvanje redovitog profesora u trajnom zvanju, na istom fakultetu za navedene predmete.
Bio je stalno zaposlen na Strojarskom fakultetu u Slavonskom Brodu Sveučilišta u Osijeku u zvanju redovitog profesora u trajnom zvanju za predmete: Toplina i toplinski strojevi, Motori s unutarnjim izgaranjem, Motorna vozila, Održavanje motora i vozila i Prenosila i dizala, te Tehničku dijagnostiku i Proračun, oblikovanje i optimiranje konstrukcija na Poslijediplomskom sveučilišnom studiju. Godine 2011. je umirovljen.
Njegov aktivni rad i znanstvena istraživanja su u područjima: teorijska i eksperimentalna istraživanja termodinamičkih procesa i ekonomičnosti rada kod motora SUI (klipnih i mlaznih), konstrukcije, održavanje i tehnička dijagnostika kod motora SUI, te istraživanja iz područja goriva za te motore.
Autor je 10 knjiga (8 sveučilišna udžbenika), više od 130 znanstvenih i stručnih radova, bio je uključen u 12 hrvatskih istraživačkih projekata. Pored znanstveno-nastavnih zvanja, obavljao je i niz rukovodećih funkcija u visokom školstvu i naučnim institucijama.
Služi se češkim, poljskim, slovačkim i ruskim jezikom, a njemački i engleski govori i piše. Za nastavni i znanstveni rad je više puta pohvaljivan, nagrađivan i 1973. godine odlikovan.